Aan het begin van de 16e eeuw kwam de Duitse monnik Maarten Luther in opstand tegen de kerk. Zijn optreden zou later leiden tot de Reformatie, een beweging die afstand nam van de leerstellingen van de Rooms-Katholieke Kerk, zoals de onfeilbaarheid van de paus, het gebruik van beelden in de kerk, aflaten en de biecht. Luther stond niet alleen; ook in Zwitserland (Genève) ontstond een soortgelijke beweging onder leiding van Calvijn. De Reformatie kende enkele stromingen, waarvan het lutheranisme en het calvinisme de bekendste zijn. Het lutheranisme werd vooral invloedrijk in Duitsland en Scandinavië, terwijl het calvinisme zich verspreidde in Zwitserland, Frankrijk, de Nederlanden, Schotland en onder puriteinen in Engeland en de Verenigde Staten. De Reformatie bereikte ons land niet direct vanuit Genève, het werkgebied van Calvijn, maar via vluchtelingengemeenten. Vanwege vervolgingen onder Karel V vluchtten talloze Nederlanders naar het buitenland, waar ze kennismaakten met de leer van de Reformatie. Een cruciaal moment in de vorming van gereformeerde kerken in de Nederlanden was de Synode van Emden in oktober 1571, waar de organisatorische en ideologische grondslag van de Nederduits Gereformeerde Kerk werd gelegd. Gedurende De Opstand keerden de vluchtelingen terug naar de Nederlanden, waardoor er snel een Gereformeerde Kerk in ons land ontstond.
Van staatskerk tot schuilkerk
De totstandkoming van de Gereformeerde Kerk had grote gevolgen voor het katholicisme in ons land. Waar zij eerst de positie van staatsreligie of staatskerk had, werd zij als gevolg van de Reformatie en de Nederlandse Opstand een minderheidsreligie. Over de wijze waarop de Reformatie gestalte kreeg in de Kop van Noord-Holland is niet veel bekend. Het lijkt erop dat dit een redelijk geleidelijk proces is geweest, waarbij het katholicisme werd teruggedrongen ten gunste van de Gereformeerde Kerk. In 1566 vond in de Lage Landen de Beeldenstorm plaats, waarbij de inventarissen en beelden van honderden katholieke kerken werden geroofd, vernield of in brand gestoken. Ook de kerk van Huisduinen werd in 1571 getroffen door een Beeldenstorm. De watergeuzen overvielen de kerk en dwongen de parochianen de beelden van de kerk zelf te verbranden. Cornelis Matthijsen was op dat moment pastoor. Vanaf die tijd waren de katholieken verstrooid. De zielzorg aan de parochie werd verzorgd door rondtrekkende priesters uit Zijpe, Schagen en Langedijk. Alle Nederlanders werden geacht over te gaan naar de Nederduits Gereformeerde Kerk. De kerken werden geconfisqueerd en katholieken, evenals de doopsgezinden, moesten in het geheim bijeenkomen in schuilkerken. In 1646 kreeg Zijpe, Huisduinen en Helder weer een eigen pastoor, Joannes (Jan) Piés. Onder leiding van pastoor Brouwer kreeg de katholieke parochie in 1672 een eigen kerk, een eenvoudig houten gebouw dat onherkenbaar was als kerk, aan de Langestraat in Oud Den Helder. Aan het begin van de Franse tijd kwam er een einde aan de periode van schuilkerken. Gaandeweg ontstond meer godsdienstvrijheid, al zou het nog tot 1848 duren voordat de volledige scheiding tussen kerk en staat was geregeld.
Jansenisme
Ondanks de beperkingen van de overheid om de mis te vieren, telde de parochie omstreeks 1663 toch nog 540 communicanten, maar de eenheid kon niet bewaard blijven. In Nederland vormde de schorsing in 1702 van de apostolisch vicaris Petrus Codde de opmaat voor een scheuring. Hij werd beschuldigd van jansenisme, een stroming die kritisch stond tegenover het gezag van de paus. Op dat moment was Johannes Heycamp pastoor van Huisduinen en Oud Den Helder. Hij koos de kant van het jansenisme en vormde een eigen gemeente die later opging in het verband van de Oud-Katholieke Kerk. Een minderheid wilde de band met de bisschop van Rome en de paus behouden. Voor hen was het niet meer mogelijk om in Den Helder of Huisduinen naar de kerk te gaan. Ze waren aangewezen op Zijpe. Pas in 1785 kreeg Den Helder weer een eigen pastoor en kerkgebouw.
Langestraat
De Langestraat werd in de 19e eeuw de straat van de katholieken. Het schuilkerkje stond er vanaf 1672 en werd gebruikt door de katholieke groep die pastoor Heycamp volgde in het jansenisme. Deze groep zou zich later aansluiten bij de Oud-Katholieke Kerk en bouwde in 1837 een nieuwe kerk met pastorie in de Langestraat. De oorspronkelijke Rooms-Katholieken konden in 1785 de Heilige Nicolaaskerk bouwen in de Langestraat, een kerkje van ongeveer 12 meter lang en nog geen 7 meter breed. De eerste pastoor was Engelbertus Vinkesteyn. Aan het begin van de 19e eeuw was de Langestraat een straat vol kerkgebouwen. Eerst het Nederlands Hervormd armenhuis voor vrouwen, verderop aan de linkerkant de Oud-Katholieke Kerk met pastorie, en aan het einde van de straat de Rooms-Katholieke Kerk.
Parochies
De verschillende katholieke parochies hebben gebruik gemaakt van meerdere kerkgebouwen. Naast de bekende Petrus en Pauluskerk, gebouwd in 1840, werd in 1876 in Nieuwstad, dichtbij de Visbuurt, een kerk gebouwd. Deze kerk, de Onze Lieve Vrouwe Onbevlekt Ontvangenkerk, werd ook bezocht door katholieken uit Julianadorp. In 1962 werd de Nicolaaskerk gebouwd in Nieuw Den Helder. Later volgde nog de oecumenische Vredeskerk in De Schooten. Aan het einde van de 20e eeuw was katholiek Den Helder verdeeld in vier parochies: Binnenstad, Nieuw Den Helder, De Schooten en Julianadorp. Op 1 juni 1994 fuseerden deze parochies tot de parochie Maria Sterre der Zee.
- Levend Verleden, Bremer 2001
- 175 jaar Petrus en Pauluskerk, Jan van Diepen