De Lutherse Kerk dankt zijn naam aan de befaamde Duitse kerkhervormer Maarten Luther (1483-1546). Luther behoort tot de belangrijkste figuren uit de kerkgeschiedenis. Onder zijn leiding ontstond in de 16e eeuw de Reformatie in het Duitse Rijk. De kern van de Reformatie is dat door het ware geloof in Christus genade geschonken wordt, wat verschilt van de katholieke leer. Wat Luther beleed was niet nieuw, maar hij bracht het volk terug bij de Bijbel, waardoor het gezag van de paus en de kerk verminderde. Dit leidde tot een breuk met de kerk van Rome.
De komst van de drukpers maakte een verdere verspreiding van de leer van de Reformatie mogelijk. Vanuit de Reformatie ontstonden diverse protestantse stromingen. Het lutheranisme is een stroming binnen het protestantse christendom met specifieke opvattingen over kerk-zijn (ecclesia), de sacramenten, de genadeleer en de rol van de overheid. In deze onderwerpen verschilden de lutheranen van de calvinisten en de latere gereformeerden. Dit lutheranisme verspreidde zich in de 16e en 17e eeuw snel over grote delen van het Duitse Rijk en Scandinavië. Ook daarbuiten doken kleine concentraties lutheranen op, onder meer in Amsterdam en Antwerpen, aanvankelijk bestaande uit Duitse en Scandinavische koop- en zeelieden. Door de vlucht van de Vlaamse lutheranen voor de katholieke contrareformatie ontstonden er in verschillende Hollandse steden lutherse gemeenten. Deze gemeenten groeiden snel door de komst van duizenden Duitse migranten in de zeventiende eeuw. Toen de Nederduitse Gereformeerde Kerk door de overheid publiekelijk werd bevoordeeld, was het lutheranisme, net zoals vele andere christelijke religies, verboden om kerkdiensten te houden. Eind 17e eeuw ontstonden er lutherse schuilkerken. In Nederland nam de Evangelisch-Lutherse Kerk een vrijzinnige koers, wat in 1791 leidde tot een afsplitsing waarmee de Hersteld Evangelisch-Lutherse Kerk ontstond. Deze groep ging in 1952 op in het grotere verband van de ELK.
In Den Helder waren aan het begin van de 19e eeuw al enkele lutheranen. Op 25 oktober 1818 werd een lutherse dienst gehouden, waarbij ook het Avondmaal werd gevierd. Deze dienst vond plaats in de doopsgezinde kerk. Dit groepje lutheranen maakte deel uit van de Hersteld Evangelisch-Lutherse gemeente, de afgesplitste tak uit 1791. In de verdere ontwikkeling van de lutherse gemeente in Den Helder moet de naam van J.H. Sonstral worden genoemd. Hij zou zich als proponent verbinden aan de lutherse gemeente en bleef tot zijn dood bij de gemeente. In 2004 is de Lutherse Kerk opgegaan in de kerkfusie die leidde tot de Protestantse Kerk in Nederland.