De lutherse kerk dankt zijn naam aan de befaamde Duitse kerkhervormer Maarten Luther (1483-1546). Luther behoort tot de belangrijkste figuren uit de kerkgeschiedenis. Onder zijn leiding kwam in de 16e eeuw de Reformatie in het Duitse Rijk. De kern van de reformatie is dat door het ware geloof in Christus genade geschonken wordt. Dit is anders dan de katholieke leer. Wat Luther beleed was niet nieuw, maar hij bracht het volk terug bij de Bijbel en daarmee werd het gezag van de paus en de kerk minder. Het kwam tot een breuk met de kerk van Rome. De komst van de drukpers maakte een verdere verspreiding van de leer van de reformatie mogelijk. Vanuit de reformatie ontstonden er diverse protestantse stromingen. Het lutheranisme is een stroming binnen het protestantse christendom met bepaalde opvattingen over kerk zijn (ecclesia), de sacramenten, de genadeleer en de rol van de overheid. In deze onderwerpen hadden de lutheranen andere opvattingen dan de calvinisten en de latere gereformeerden. Dit lutheranisme verspreidde zich in de 16e en 17e eeuw snel over grote delen van het Duitse Rijk en Scandinavië. Ook daarbuiten doken kleine concentraties lutheranen op, onder meer in Amsterdam en Antwerpen, die aanvankelijk uit Duitse en Scandinavische koop- en zeelieden bestonden.
Door de vlucht van de Vlaamse lutheranen voor de katholieke contrareformatie, ontstonden in verschillende Hollandse steden, lutherse gemeenten. Deze gemeenten groeiden snel door de komst van duizenden Duitse migranten in de zeventiende eeuw. Toen de Nederduitse Gereformeerde Kerk publiekelijk door de overheid werd bevoordeeld, was het lutheranisme, net zoals vele andere christelijke religies verboden om kerkdiensten te houden. Eind 17e eeuw ontstonden er lutherse schuilkerken. In Nederland nam de Evangelisch-Lutherse Kerk een vrijzinnige koers. Dit leidde in 1791 tot een afsplitsing waarmee de Hersteld Evangelisch Lutherse Kerk ontstond. Deze groep ging in 1952 op in het grotere verband van de ELK.
In Den Helder waren aan het begin van de 19e eeuw al enkele lutheranen. Op 25 oktober 1818 werd een lutherse dienst belegd met daarbij ook de viering van het Avondmaal. Deze dienst vond plaats in de doopsgezinde kerk. Dit groepje lutheranen maakte deel uit van de Hersteld Evangelische Lutherse gemeente de afgesplitste tak uit 1791. In de verdere ontwikkeling om te komen tot een lutherse gemeente in Den Helder moet de naam genoemd worden van J.H. Sonstral. Hij zou zich als proponent verbinden aan de lutherse gemeente en bleef tot zijn dood bij de gemeente. In 2004 is de Lutherse kerk meegegaan in de kerkfusie die geleid heeft tot de Protestantse Kerk Nederland.