Vanaf het begin van de negentiende eeuw telde de Nederlandse Hervormde Kerk heel wat bezwaarde gemeenteleden, want de boodschap die van de hervormde kansels klonk was liberaal en modernistisch. De prediking ging vooral over een deugdzaam leven. Belangrijke Bijbelse begrippen zoals zonde, bekering en wedergeboorte raakten op de achtergrond. Veel predikanten stelden de wetenschap boven de Bijbel en geloofden niet meer in de Godheid van Christus en de lichamelijke opstanding. Veel gemeenteleden namen de vervlakking waar en streden hier ook wel tegen, maar bleven desondanks lid van de Hervormde Kerk. In 1834 kwam In het Friese Ulrum een afscheidingsbeweging op gang onder leiding van dominee Hendrik de Cock. Spoedig daarna breidde deze beweging zich uit over het hele land. In Den Helder was winkelier J. Bruin aan de Kanaalweg één van de leidende figuren die zich onttrok. Coenraad Wüst in dienst bij de Rijkswerf werd gedurende de eerste jaren van de afgescheiden gemeente de voorganger.

De afgescheiden gemeente kwam in het geheim bijeen in een stal op het erf van weduwe Lobé, Zeedijk 84. Later heette dit Kanaalweg. Het was de plaats waar later het Christelijke Militair Tehuis zou verschijnen, dicht bij de Postbrug. De afgescheiden gemeente had het zwaar en werd bedreigd en vervolgd. Op Eerste Paasdag 11 april 1840 escaleerde het verzet tegen de gemeente. Van alle kanten werd de stal, waarin de gemeente samenkwam, belaagd. Ruiten werden ingegooid, stenen en vuil werd gegooid naar het kleine groepje gemeenteleden. Op bescherming van de politie en van burgemeester J. In ‘t Velt hoefde de gemeente niet te rekenen want officieel was de gemeente in overtreding omdat samenscholingen van meer dan 19 personen verboden waren, maar de burgemeester, zelf hervormd, toonde geen enkele sympathie voor de afgescheidenen. In latere jaren kwam er meer ruimte en zelfs overheidserkenning.

In 1848 werd zowel de stal als het woonhuis van weduwe Lobé gekocht voor de prijs van 2.000 gulden. Op deze plaats werd in 1862 de eerste kerk gebouwd voor een bouwsom van f 8.540. De eerste steen werd gelegd door een zoontje van ds. Op ‘t Holt, die later ook predikant werd. De achtergevel van de kerk stond aan de Dijkweg. De voorgevel van de kerk aan de Kanaalweg, terwijl de hoofdingang te bereiken was door een smalle steeg vanaf de Kanaalweg. Er zijn slechts enkele foto’s bekend van deze kerk. Het grootste deel van de gemeente ging in 1892 mee met de Vereniging, de samensmelting van de afgescheiden gemeenten met de dolerenden uit 1886. In 1912 werd de Zuiderkerk vergroot en omgedoopt tot Bethelkerk. De Bethelkerk aan de Kanaalweg werd in 1913 gesloopt. Op deze plaats kwam het Christelijk Militair Tehuis.