Vanaf het begin van de negentiende eeuw telde de Nederlands Hervormde Kerk heel wat bezwaarde gemeenteleden. De boodschap die veel predikanten brachten was liberaal en modernistisch. Het goud van de reformatie was verloren gegaan. Veel gemeenteleden namen de vervlakking waar en streden hier ook wel tegen, maar bleven lid van de kerk. In 1834 barste door allerlei omstandigheden de bom. In het Friese Ulrum kwam de afscheidingsbeweging op gang. Spoedig daarna breide deze beweging zich uit over het hele land. In Den Helder was de winkelier J. Bruin aan de Kanaalweg één van de leidende figuren. Coenraad Wüst was gedurende de eerste jaren van de afgescheiden gemeente de voorganger.

De afgescheiden gemeente kwam in het geheim bijeen in een stal op het erf van weduwe Lobé, Zeedijk 84. Later heette dit Kanaalweg. Het was de plaats waar later het Christelijke Militair Tehuis zou verschijnen, dicht bij de Postbrug. De afgescheiden gemeente had het zwaar en werd bedreigd en vervolgd. Op Eerste Paasdag 11 paril 1840 escaleerde het verzet tegen de gemeente. Van alle kante werd de stal belaagd, ruiten werden ingegooid en stenen en vuil werd gegooid naar het kleine groepje gemeenteleden. Op bescherming van de politie en van burgemeester J. In ‘t Velt hoefde de gemeente niet te rekenen. Officieel was de gemeente in overtreding omdat samenscholingen van meer dan 19 personen verboden was, maar de burgemeester, zelf hervormd toonde geen enkele sympathie naar de afgescheidenen. In latere jaren kwam er meer ruimte en zelfs overheidserkenning.

In 1848 werd zowel de stal als het woonhuis van weduwe Lobé gekocht voor de prijs van 2.000 gulden. Op deze plaats werd in 1862 de eerste kerk gebouwd voor een bouwsom van f 8.540. De eerste steen werd gelegd door een zoontje van ds. Op ‘t Holt, die later overigens ook predikant werd. De achtergevel van de kerk stond aan de Dijkweg. De voorgevel van de kerk aan de Kanaalweg, terwijl de hoofdingang te bereiken was door een smalle steeg vanaf de Kanaalweg. Er zijn slechts enkele foto’s bekend van deze kerk. Het grootste deel van de gemeente ging in 1892 mee met de Vereniging. De samensmelting van de afgescheiden gemeenten met de dolerenden uit 1886. In 1912 werd de Zuiderkerk vergroot en omgedoopt tot Bethelkerk. De Bethelkerk aan de Kanaalweg werd in 1913 gesloopt. Op deze plaats kwam het Christelijk Militair Tehuis.