In 1889 legde dominee Den Hengst de eerste steen voor een nieuw kerkgebouw, nadat voor een bedrag van f 2.000 een stuk grond was gekocht op de hoek van de Spoorstraat en de Gravenstraat. Architect van Wijngaarden had de opdracht gekregen voor het bouwplan van de nieuwe kerk die Zuiderkerk genoemd zou worden. Het werd een kerk met 400 zitplaatsen en met een gaanderij. De totale kosten bedroegen f 8.500. Ook werd bij de kerk een kosterswoning en pastorie gebouwd. In 1892 vond de Vereniging plaats, de samenvoeging van de afgescheidenen en de dolerenden (de zg. A en B kerken) tot de Gereformeerde Kerk. In 1912 werd de Zuiderkerk verbouwd en omgedoopt tot Bethelkerk. Gedurende de verbouwing maakte de gemeente gebruik van de Lutherse Kerk aan de Westgracht. De oude Bethelkerk werd gesloopt. Op die plaat zou enige tijd later het Chr. Militair Tehuis gebouwd worden. De rijk gedecoreerde voorgevel in renaissancestijl van de Bethelkerk was karakteristiek voor de Bethelkerk in de Spoorstraat.

Verondersteld kan worden dat het orgel uit de Bethelkerk (Kanaalweg) werd overgezet naar de Zuiderkerk. Na de verbouwing werd in 1915 een nieuw orgel aangekocht voor f 400, gebouwd door de Pels & Zn. Alkmaar. Het werd in 1916 geplaatst en was een pneumatisch instrument, waarbij de windvoorziening geregeld werd door twee voettreden. In 1926 was de orgeltrapper niet meer nodig vanwege de plaatsing van een elektromotor. Het instrument bevatte tien registers verdeeld over twee klavieren. Hierbij was de Bourdon 16 voet dubbel uitgevoerd zodat deze zowel op het klavier als pedaal gebruikt kon worden (150 jaar Gereformeerde Kerk Den Helder pagina 23). De dispositie was als volgt (Heldersche Courant 16-5-1916)

Manuaal I (onderklavier)
Prestant 8 vt.
Bourdon 16 vt.
Roerfluit 8 vt.
Roerfluit 4 vt.
Manuaal II (bovenklavier)
Holpijp 8 vt.
Aeoline 8 vt.
Gamba 8 vt.
Vox Celeste 8 vt.
Pedaal: Subbas 16 vt. 
Verder bevatte het orgel diverse koppelingen. De registers waren als tuimelschakelaars boven het klavier aangebracht, met onder het klavier vier knoppen voor de geluidssterkte. Verder was een transposer aanwezig die het mogelijk maakte door verschuiving van het klavier per 1/2 toon op- of afgaand een terts hoger of lager te transponeren. In 1949 werd het orgel verder uitgebreid en werd ook de speeltafel verplaatst naar de galerij tegenover de preekstoel. In 1980/1981 is het orgel opnieuw gerenoveerd, nu door Gebr. vd Kuijl. Wat van het orgel geworden is na de afbraak van de kerk is niet bekend.

In 1912 werd een gevelsteen ingemetseld in de Zuiderkerk, die vanaf dat moment Bethelkerk werd genoemd. De ingebeitelde jaartallen herinneren naar de belangrijkste momenten van dit kerkgebouw. Het jaar 1840 staat voor de totstandkoming van de christelijke afgescheiden gemeente, die begon in de stal van weduwe Lobé. Het jaar 1887 zal verwijzen naar de bouw van de Zuiderkerk, hoewel de eerst steenlegging twee jaar later plaatshad. Het jaar 1861 verwijst naar de oude Bethelkerk aan de Kanaalweg.

Het markante gebouw moest in 1993 plaatsmaken voor winkelgalerij de Kroonpassage en werd daarom afgebroken, maar bij veel Nieuwediepers heeft de Bethelkerk nog steeds een plaats in de herinnering. Op 9 november 1993 hebben Ds. U.A.Faber en Ds. J.L.Oosterhoff de eerste paal geslagen voor de bouw van de nieuwe Bethelkerk aan de Prins Hendriklaan. Op 15 oktober 1994 is de nieuwe Bethelkerk in gebruik genomen; een opvallend cilindervormig gebouw. In de architectuur zijn twee cirkels zichtbaar verbonden door een vierkant. De lichtinval door de ciliners versterkt de ruimtewerking. Aan de rechter zijkant van de kerk staat een vrijstaande kleine klokkenstoel met daarin de klok, afkomstig van de Duinkerk.