De Christelijke Gereformeerde Kerk is geworteld in de Afscheiding van 1834. Een deel van de Hervormde Kerk had in toenemende mate moeite met de vrijzinnigheid in de kerk. Onder leiding van ds. Hendrik de Cock vond in het Groningse Ulrum de Afscheiding plaats. Een beweging die zich in de loop van de jaren snel verspreidde over de rest van het land. De overheid greep hard in tegen onwettige godsdienstoefeningen. Dit leidde tot vervolging van de afgescheidenen, inkwartiering in hun huizen en zelfs gevangenzetting van predikanten.

Ook in Den Helder werden ‘afgescheidenen’ gemolesteerd. Rond 1840 was er een groepje leden uit de Nederlands Hervormde Kerk die zich niet meer konden verenigen met de rationele en vrijzinnig boodschap die verkondigd werd vanaf de kansels. Dit groepje kwam bijeen in de stal van weduwe Lobé aan de Zeedijk (later Kanaalweg bij de Postbrug). Jaren van vervolging volgden totdat in 1848 de mogelijkheid ontstond om de stal en het woonhuis van weduwe Lobé om te bouwen tot een kerk. Hier aan de Kanaalweg ontstond de eerste Bethelkerk. Onder leiding van ds. W.H. van Leeuwen sloot de gemeente zich aan bij de landelijke Christelijke Afgescheiden Kerk. Dit is de kerk die sinds 1869 door de overheid werd erkend. In 1875 telde de Helderse Christelijke Gereformeerde Gemeente zo’n 940 leden. In de bijna veertig jaar dus al een grote gemeente.

In 1886 ontstond een nieuwe uittocht uit de Hervormde Kerk. Deze beweging wordt de Doleantie genoemd en stond onder aanvoering van de landelijk bekende Dr. Abraham Kuyper, theoloog, wetenschapper en staatsman. Enkele jaren later in 1892 vond de Vereniging plaats. De samenvoeging van de afgescheidenen en de dolerenden. Het nieuwe kerkverband kreeg de naam Gereformeerde Kerken in Nederland. In de Spoorstraat wordt de Zuiderkerk gebouwd, die later omgedoopt zou worden tot Bethelkerk.

Toch kon niet iedereen meegaan met de Vereniging van 1892. Er waren bezwaren die vooral betrekking hadden op sommige opvattingen van de invloedrijke Abraham Kuyper. Een klein deel van de christelijke gereformeerde kerken bleef zelfstandig en zetten daarmee de Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland voort. Ook in Den Helder waren bezwaarden. Ze verlangden terug naar het evangelisatiegebouw in de Palmstraat. In 1902 werd de Christelijke Gereformeerde Kerk (opnieuw) gesticht. Lambert Kamp (1870-1938), speelde in de totstandkoming een belangrijke rol. Aanvankelijk resoorteerde deze gemeente onder de Christelijke Gereformeerde Kerk van Broek op Langedijk, in 1907 wordt de gemeente in Den Helder zelfstandig. Op 14 juni 1908 krijgt de gemeente haar eerste predikant ds. Bos uit Harlingen. In januari 1909 koopt ouderling Lambert Kamp een stuk grond aan de Steengracht waarop een nieuwe kerk gebouwd kan worden. Op Hemelvaartsdag 20 mei 1909 werd de kerk in gebruik genomen. Het kerkbezoek neemt tijdens de Eerste Wereldoorlog toe vanwege de grote toeloop van militairen. Een uitbreiding van de kerk bleek noodzakelijk en kon plaatsvinden door het naastgelegen pand te kopen en daarop een nieuw kerkgebouw te plaatsen. Deze kerk werd in 1918 in gebruik genomen. Enkele jaren later kon een pijporgel geplaatst worden in de kerk.

Het kerkgebouw aan de Steengracht is in 1993 verkocht. De gemeente betrok in 1993 een nieuwe kerk aan de Fazantenstraat, ’t Kruisanker.