De Gereformeerde Gemeente heeft evenals een aantal andere kerken van gereformeerd belijden de wortels in de Afscheiding van 1834. Een deel van de Nederlandse Hervormde Kerk scheidde zich af nadat in het Groningse Ulrum ds. Hendrik de Cock was geschorst en afgezet vanwege zijn verzet tegen de liberale en vrijzinnige prediking. Verspreid over het land ontstonden kleine afgescheiden gemeenten, die door de overheid vervolgd en onderdrukt werden. Later ontstond meer ruimte voor de afgescheidenen onder voorwaarde dat overheidserkenning moest worden aangevraagd. Deze kerken vormden de Christelijke Afgescheiden Gemeenten. Er waren ook gemeenten die zich bezwaard voelden om deze overheidserkenning aan te vragen. Deze gemeenten vormden samen de Gereformeerde Kerk onder ’t Kruis, namelijk het “kruis” van vervolgingen van overheidswege.
In 1869 besloot een aantal kruisgemeenten (Enkhuizen, Lisse en Tricht) niet mee te gaan met de toen bereikte fusie tussen de christelijke afgescheidenen en de kruisgemeenten. In de geschiedenis van de Gereformeerde Gemeente speelt de predikant ds. L.G.C. Ledeboer uit Benthuizen een belangrijk rol. Hij is een neef van ds. Ledeboer die verbonden was aan de Nieuwe Kerk en Westerkerk in Den Helder, maar wel met een groot verschil: Ledeboer uit Benthuizen was een uiterst rechtzinnig predikant, de Helderse Ledeboer was vrijzinnig. Ledeboer uit Benthuizen werd in 1841 afgezet als predikant. Hij erkende die afzetting uit de Hervormde Kerk niet en stichtte in het land diverse gemeenten. Deze gemeenten werden Ledeboeriaanse gemeenten genoemd. Wat leer en leven betreft waren er nauwelijks verschillen tussen de Ledeboerianen en de zelfstandig gebleven kruisgemeenten. Zij beriepen zelfs elkaars predikanten. In 1907 kwam het tot een samensmelting en ontstond het kerkverband der Gereformeerde Gemeenten in Nederland en Noord-Amerika. Een minderheid met ds. L. Boone fuseerde niet mee en vormde de Oud-Gereformeerde Gemeenten. De keuze van een ambtsgewaad voor predikanten en het al dan niet zingen van de Psalmberijming van ds. Petrus Datheen werd vrijgelaten. Samensprekingen met de Christelijke Gereformeerde Kerken en de Gereformeerde Kerken, maakten duidelijk dat de leerverschillen te groot waren om tot eenheid te komen.
In Den Helder was er ook onder de afgescheidenen en onder bezwaarden Hervormden verschil in kerkelijk inzicht en kerkelijk handelen. De afgescheidenen vormden een eigen kerkgenootschap, daarnaast waren de bezwaarde Hervormden verenigd in de latere Palmstraatkerk. Verder was er nog de groep rond evangelist Willem Schock. Rond 1883 was een kleine gemeente ontstaan in het kerkje in de Hoogstraat. Deze groep kreeg verschillende voorgangers, maar de eenheid bleek moeilijk te bewaren. Vlak na de oorlogsjaren werd aansluiting gezocht bij de Gereformeerde Gemeenten, maar het bleek niet haalbaar te zijn om de hele groep van de Hoogstraatkerk hierin mee te krijgen. Een klein deel besloot zelfstandig verder te gaan en aansluiting te zoeken bij de Gereformeerde Gemeenten. Er kwam een kerkzaal beschikbaar in de Janzendwarsstraat. Hier werd op zondag diensten gehouden en preken gelezen. De naastgelegen woning van ouderling A. van de Beek diende als consitorie. Ook doordeweeks werden diensten belegd waarbij predikanten uit andere delen van het land voorgingen. In 1969 kon de eerste steen gelegd worden voor een eigen kerkgebouw in de Reigerstraat door ouderling A. van de Beek en ds. W. Suyker. De Gereformeerde Gemeente van Den Helder heeft nooit een eigen predikant gehad.
