Als reactie op de moderne en vrijzinnige prediking in de Hervormde gemeente ontstonden in de 2e helft van de 19e eeuw enkele evangelisaties. Allereerst in 1860 één, uitgaande van een Vereniging tot verbreiding der Waarheid. Deze zocht aansluiting bij de Ned. Evangelische Protestanten Vereniging. De groep kwam bijeen in de Palmstraat. Er ontstond ook een meer confessioneel gerichte evangelisatie; de evangelist hiervan was Willem Schock, die eerder gewerkt had in Oostburg, Sluis en Hillegorn. In 1878 werd een gebouwtje in de Hoogstraat in gebruik genomen. Omstreeks 1880 sloot Schock zich aan bij de Chr. Geref. Kerk en ging in Kampen studeren. Na zijn vertrek besloot een deel van de gemeente zich te constitueren als een Vrije Gereformeerde Gemeente, die ook in het bezit van het kerkje in de Hoogstraat kwam.

De Standaard 8 november 1878

De eerste predikant was Ds. Johannes van den Broek. In juli 1883 kwam hij in Den Helder, maar vertrok alweer in 1885 naar Amsterdam. De gemeente had in de jaren daarna verschillende voorgangers. In 1962 sloot de gemeente zich aan bij het verband van Chr. Geref. Gemeenten. Dit kerkverband bestond slechts enkele jaren, In 1952 leefde bij een deel van de gemeente de gedachte om zich aan te sluiten bij de Gereformeerde Gemeenten. Dit voorstel kreeg echter geen meerderheid waarna een aantal leden overgingen tot instituering van een eigen Gereformeerde Gemeente in Den Helder. Het kwam in 1966 wel tot aansluiting bij de Oud Gereformeerde Gemeenten in Nederland. In 1999 heeft de gemeente van de Hoogstraatkerk zich hiervan losgemaakt. In 2005 werd aansluiting gevonden bij de Hersteld Hervormde Kerk.

Het kleine kerkgebouw beschikt over een fraai één klaviersorgel, gebouwd door J. van Assendelft in 1767. Aanvankelijk was dit mechanisch sleeplade-orgel bestemd voor de rooms-katholieke Sint Bernarduskerk (De Hoeck) in Haarlem. In 1853 werd deze schuilkerk afgebroken. Daarna werd het orgel verkocht aan de Afgescheiden Gemeente van Amsterdam. Later is het orgel verkocht aan de Hersteld Evangelisch Lutherse gemeente in Den Helder. Deze gemeente nam in 1914 een nieuwe kerk in gebruik. Uiteindelijk is het instrument in 1924 in het huidige gebouw terecht gekomen.