De kerkgeschiedenis van Den Helder begint in het kleine duindorp Huisduinen. Waarschijnlijk werd het evangelie hier gebracht door Willibrord, de bekende Angelsaksische missionaris. Willibrord heeft waarschijnlijk de kustdorpen van Noord-Holland bezocht en daar de eerste christelijke gemeentes gesticht. Al valt dat niet met grote zekerheid te zeggen. In elk geval had Huisduinen, of Husidina zoals het dorp vroeger werd genoemd, al in vroeger tijden een kerk. Het was tot de zeventiende eeuw een schorrengebied met kwelders. Maar Husidina was een eiland dat zichzelf steeds weer probeerde te redden en op te bouwen na verwoestende stormen waarvan de Allerheiligenvloed in 1570 wel de meest ingrijpende was. De getijdeveranderingen, landafbrokkelingen leidde tot een steeds veranderend zeegebied. Op de plaats waar vroeger kerken stonden ligt nu zandplaat de Razende Bol. Pas in de zeventiende eeuw werd deze situatie iets stabieler. Op dat moment floreerde Huisduinen als dorp van Groenlandvaarders en commandeurs, terwijl Den Helder nog slechts een nederzetting was.
In 1648 werd een soort boerderijkerk gebouwd. Ongeveer op dezelfde plaats waar nu het Huisduiner kerkje staat. Het was van hout en had enigszins de vorm van een boerderij. Dit kerkje overleefde vele stormen en gebeurtenissen, maar niet de kortdurende landing van de Engelsen en de Russen in 1799. Het kon daarna bijna niet meer gebruikt worden, maar deed toch nog dienst zo goed en zo kwaad als het kon tot 1852.

Op de begraafplaats van Huisduinen is een opmerkelijke grafsteen te zien. Het is het grafmonument van de Diewer Pieters, overleden in 1672. We weten niets van haar. Het moest een rijke vrouw zijn geweest, want ze schonk de kerk van Huisduinen een nieuw kerkorgel. Gebouwd door orgelbouwer Pieter Bakker. De bevolking heeft Diewe geeerd met een grafsteen met orgelpijpen. Het is het op één na oudste grafmonument van deze begraafplaats.
Aannemer Stapelkamp uit Haarlem bouwde in 1852 een nieuwe kerk. De kwaliteit van het kerkgebouw was niet best en werd in 1896 vervangen door het huidige kerkgebouw. De enige kerk die Huisduinen nu nog heeft, doet niet meer dienst als kerk, maar is tegenwoordig een cultureel centrum en trouwlocatie. Het oudste onderdeel van de kerk is de klok, die dateert uit 1537. De klok heeft in één van de eerdere kerken gehangen en heeft de tijd van de reformatie nog meegemaakt en daarmee zowel katholieken als protestanten opgeroepen tot de kerkgang. De klok is gemaakt door de Amsterdamse klokkengieter Goebel Saal en is voorzien van het volgende opschrift:
Nicolaas heet ick.
Den levendichen roep ick,
den dooden overluij ick.
Goebel Saal doet mij in ’t jaar
MCCCCCXXXVII
Het scheepsmodel (waarschijnlijk uit 1787) van een Groenlandvader, maakte vroeger deel uit van het interieur van de Oude Kerk, maar is bij ingebruikname van de Westerkerk in 1845 geschonken aan de kerk van Huisduinen. De buitenmuur bevat een plaquette met daarop de geschiedenis van de biddende predikant Salomon van Til.