De Johanneskapel in Nieuw Den Helder is evenals de Opstandingskerk een kerkgebouw dat is voortgekomen uit de naoorlogse wederopbouw van kerken. In 1956 zijn de bouwvergunningen verleend en in april 1957 kon de kapel in gebruik worden genomen. De kapel had een moderne opzet. De bedoeling was dat de kapel voor verschillende doeleinden gebruikt kon worden. Vrijwel direct na oplevering werd de kerk al gebruikt voor het vertonen van films. De vestiaire werd gebruikt door hobbyclubs, zaag en timmerwerk en ook de Helderse scouting maakte gebruik van de kapel. In 1993 is de kapel ingrijpend verbouwd. De aanleiding hiervoor was het in gang gezette Samen Op Weg proces waarbij Hervormden en Gereformeerde intensiever gingen samenwerken. Door het teruggelopen kerkbezoek werden al diensten gecombineerd met de dichtbij gelegen gereformeerde Duinkerk. De Duinkerk werd afgestoten en de verbouwde kerkzaal kon plaats bieden aan 230 bezoekers.

De kapel was na de verbouwing een samenvoeging van twee gemeentes. Ditzelfde betrof het orgel dat in 1995 werd opgeleverd. Bouwer Van der Kuijl heeft voor de Johanneskapel twee orgels samengevoegd, het bestaande Pot orgel en het orgel van de voormalige Rehobothkerk aan de Fazantenstraat. Dit orgel was gebouwd door de bekende orgelbouwer Pels en had een pneumatische tractuur.

Op 22 november 2020 werd de laatste dienst gehouden in de Johanneskapel. Het orgel is verhuisd naar Polen.