De Rooms Katholieke parochies beleefden mooie tijden na de oorlogsjaren. De ontwikkelingsplannen die zouden leiden tot de nieuwe wijk Nieuw Den Helder bood perspectief tot uitbreiding van de kerkgebouwen. Dat was ook nodig, want de parochie maakte al gebruik van het witte kapelletje op de St. Jozef begraafplaats aan de Jan Verfailleweg en later ook van een houten noodkerk aan de Waddenzeestraat

Nicolaaskerk Waddenzeestraat 1954 foto 1956
Nicolaaskerk, 1954 tijdelijk onderkomen Rooms Katholieke parochie

Met de uitbreidingsplannen naar Nieuw Den Helder stond de parochie niet alleen. De gereformeerden hadden plannen voor de Duinkerk en de hervormden zouden later de Johanneskapel realiseren. In 1961 werd de eerste steen neergelegd door deken G.P. Bakker, een jaar later kon de Nicolaaskerk in gebruik worden genomen. Het statige gebouw is ontworpen door C.M. van Moorsel. Met de ingebruikname van deze kerk had de parochie weer een Nicolaaskerk in bezet. De oorspronkelijke kerk in de Langestraat was naar dezelfde heilige genoemd, terwijl de nieuw gebouwde kerk in 1840 de Petrus en Pauluskerk werd genoemd. 

Onder meer door teruglopend kerkbezoek kwam de exploitatie van de Nicolaaskerk in de problemen. In 2009 werd de laatste dienst gehouden. Sindsdien heeft het gebouw andere bestemmingen gekregen.