Jan van Scorel tekende omstreeks 1552 op zijn illustratieve kaart van Texel en omgeving bij een kerk bij de kleine nederzetting Huisduinen. Een kerk met een toren en wat huisjes er omheen. Of dit eenvoudige plaatje overeenkomst heeft gehad met het kerkgebouw dat daadwerkelijk daar heeft gestaan is niet bekend, maar deze tekening zal één van de oudste afbeeldingen zijn van de kerk in dit kweldergebied. Huisduinen was een dorp van zeevaders en walvisvaders want Huisduinen was een zeedorp. Een dorp waar mensen woonden en werkten en waar een plaats nodig was om het geloof te belijden en te beleven. Er stond dus een kerkje. In deze kerk stonden de pastoors die hier aangesteld waren. Na de reformatie werden dit gereformeerde predikanten. Jan van Scorel tekende dit kerkje ca. 1552. Lang heeft het er niet gestaan. Het werd verzwolgen door de golven rond 1600, mogelijk de golven van de Allerheiligenvloed in 1572. Een geweldige gebeurtenis die van grote betekenis is geweest voor de vorming van de kop van Noord Holland en het hele zeegebied waaruit het Marsdiep is ontstaan.
‘De kerek op den Helder, die is besteedt te maken op de plaatse, genaamt de Malle Croft in de jare 1624’, zo blikt de Heldersche Courant op 3 augustus 1938 terug. Er wordt een nieuwe kerk gebouwd. Over deze kerk, die volledig van hout was gebouwd, is niets bekend. Misschien geeft de gevelsteen van Jan Corneliszn Duyts ons wel een indruk. Duyts was een meestertimmerman in Amsterdam. Hij moet goede zaken hebben gedaan want hij was in het bezit van een aantal woningen in de Kerkstraat van Amsterdam, dit zijn de huidige woningen 402, 404, 406 en 408. Duyts voorzag zijn huizen van mooie gevelstenen. Nummer 402 bevat een afbeelding van Huysduynen met het kerkje. Duyts kocht zijn woningen in 1670, de gevelsteen zal ook rond die tijd geplaatst moeten zijn.
De weinige kerkgangers van Den Helder – toen nog Helder – zullen hier gekerkt hebben. In deze kerk hebben de eerste gereformeerde predikanten gestaan. Johannes Martinus Fleurkens was vermoedelijk de eerste predikant van Huisduinen na de reformatie. Hij was predikant van Huisduinen van 1595-1608. Daarna kwam Adrianus Henrich Tegularius, bevestigd op 22 oktober 1623. Juffrouw Cornelia Voorthuyzen legde op 20 juli 1679 de eerste steen voor een nieuwe kerk op de Conijnsbergh. Deze werd 19,5 el lang en 12,75 el breed, een ruim gebouw met een kleine koepeltoren in het midden. In 1680 werd een schoolhuis bij de kerk gezet. Volgens geschiedschrijver Den Bouwmeester kenmerkte het kerkgebouw zich niet door uiterlijke schoonheid. ‘Wat men echter zocht kon men er vinden, namelijk rust en tevredenheid voor zijne ziel’. Maar het was, aldus Den Bouwmeester, een eenvoudig houten gebouw op een stenen fundament gebouwd met een spits toelopend dak met een torentje. Volgens het hiervoor genoemde krantenbericht hing er in het kerkje een scheepsmodel van een Groenlandse Kommandeur Brouwer die dit scheepje heeft geschonken aan de kerk. Later is dit scheepsmodel geschonken aan de Huisduiner kerk. Meer dan de helft van de werkende bevolking van Huisduinen en Den Helder vond in de zeventiende en achttiende eeuw werk in de walvisvaart, als matroos, speksnijder, harpoenier, stuurman of in de rang van commandeur (gezagvoerder). Gedurende de Franse periode kon de kerk niet gebruikt worden omdat deze in beslag werd genomen voor het huisvesten van Spaanse krijgsgevangenen. Na die tijd kon de kerk weer gebruikt worden, maar vanaf 1830 werd nagedacht over vervanging van de kerk. Over het orgel is niet veel bekend. Volgens Van der Aa (1844) is in 1828 een zeer goed orgel geplaatst, aangekocht uit milde giften eenparig door de gemeente bijeengebracht. Volgens Van der Aa was op dat moment de kerk al zo bouwvallig, dat gevreesd werd voor instorting bij harde wind. Het orgel werd na sluiting van de kerk overgeplaatst naar de Westerkerk die in 1845 werd opgeleverd. Vrijwel gelijktijdig werd het kerkje op de Conijnsbergh afgebroken.
