Volgens de beschrijving van Den Bouwmeester (1847) ging de inwijding van de Westerkerk op 9 november 1845 plaats ‘onder begeleide van eene heerleijke vocale en instrumentale muzijk uitgevoerd door eenige liefhebbers’. Naast de Oude Kerk aan de Conijnsbergh en de in 1839 opgeleverde Nieuwe Kerk had de Hervormde Kerk nu ook de beschikking over de Westerkerk; een kruiskerk voorzien van een toren met slag- en uurwerk. De kerkzaal beschikte over een gaanderij, met als bijzonderheid dat je vanaf de gaanderij de preekstoel op kon. Bijna gelijktijdig met de ingebruikname werd de Oude Kerk op de Conijsnsbergh gesloten. De naam Oude Kerkstraat bleef tot 1944 in gebruik tot het verdwijnen van Oud Den Helder op last van de Duitse bezetters. Evenals de Nieuwe Kerk en de Rooms Katholieke Petrus en Pauluskerk was de Westerkerk ook een Waterstaatskerk. Gebouwd met subsidie van de overheid. De aanneemsom was f 32.800. Daarvoor kreeg de kerk dan wel een preekstoel, klankbord en een doophek van massief mahoniehout. In 1876 brak brand uit in de kerk waardoor deze voor een groot deel verwoest werd en opnieuw opgebouwd moest worden, de schade bedroeg  31.300 en werd door de verzekering vergoed (krantenbericht 18 mei 1877). De klok werd opnieuw gegoten en kon op zondag 17 november 1878 weer luiden. Op bevel van de Duitsers werd de kerk in 1944 gesloopt vanwege de Atlantikwall, de verdedigingslinie die door de Duitsers werd aangelegd.

Na de brand van 1877 is de herbouwde kerk voorzien van een orgel van L.Ypma & Co. Vlak voor de sloop in 1944 is dit orgel overgeplaatst naar de Gereformeerde Kerk Breezand. Het orgel heeft daar nog 40 jaar gediend en werd daarna buiten gebruik gesteld.